% MODELO BIOINFO v1.0
%% Modelo de tese/dissertação do PROGRAMA INTERUNIDADES DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA
% Autor: Diego Mariano (www.diegomariano.com)
% baseado no modelo proposto por Lauro César Araujo
% ------------------------------------------------------------------------
% abnTeX2: Modelo de Trabalho Academico (tese de doutorado, dissertacao de mestrado e trabalhos monograficos em geral) em conformidade com ABNT NBR 14724:2011
% Apresentacao
% ------------------------------------------------------------------------
\documentclass[
	% -- opções da classe memoir --
	12pt,				% tamanho da fonte
	openright,			% capítulos começam em pág ímpar (insere página vazia caso preciso)
	oneside,			% para impressão mudar para twoside para facilitar impressaõ de frente e verso 
	a4paper,			% tamanho do papel. 
	% -- opções da classe abntex2 --
	%chapter=TITLE,		% títulos de capítulos convertidos em letras maiúsculas
	%section=TITLE,		% títulos de seções convertidos em letras maiúsculas
	%subsection=TITLE,	% títulos de subseções convertidos em letras maiúsculas
	%subsubsection=TITLE,% títulos de subsubseções convertidos em letras maiúsculas
	% -- opções do pacote babel --
	english,			% idioma adicional para hifenização
	brazil				% o último idioma é o principal do documento
	]{abntex2}
% ---
% Pacotes básicos 
% ---
\usepackage{lmodern}			% Usa a fonte Latin Modern			
\usepackage[T1]{fontenc}		% Selecao de codigos de fonte.
\usepackage[utf8]{inputenc}		% Codificacao do documento (conversão automática dos acentos)
\usepackage{indentfirst}		% Indenta o primeiro parágrafo de cada seção.
\usepackage{color}				% Controle das cores
\usepackage{graphicx}			% Inclusão de gráficos
\usepackage{microtype} 			% para melhorias de justificação
\usepackage{hyperref}
\usepackage{times}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsthm,amsfonts}
% ---
		
% ---
% Pacotes adicionais, usados apenas no âmbito do Modelo Canônico do abnteX2
% ---
\usepackage{lipsum}				% para geração de dummy text
% ---
% ---
% Pacotes de citações
% ---
\usepackage[brazilian,hyperpageref]{backref}	 % Paginas com as citações na bibl
\usepackage[alf]{abntex2cite}	% Citações padrão ABNT
% --- 
% CONFIGURAÇÕES DE PACOTES
% --- 
% ---
% Configurações do pacote backref
% Usado sem a opção hyperpageref de backref
\renewcommand{\backrefpagesname}{Citado na(s) página(s):~}
% Texto padrão antes do número das páginas
\renewcommand{\backref}{}
% Define os textos da citação
\renewcommand*{\backrefalt}[4]{
	\ifcase #1 %
		Nenhuma citação no texto.%
	\or
		Citado na página #2.%
	\else
		Citado #1 vezes nas páginas #2.%
	\fi}%
% ---
% ---
% Informações de dados para CAPA e FOLHA DE ROSTO
% ---
\titulo{Título da Tese dever ser escrito aqui}
\autor{Seu nome aqui }
\local{Belo Horizonte}
\data{2021}
\orientador{nome do orientador}
\coorientador{nome do coorintador}
\instituicao{%
  Universidade Federal de Minas Gerais -- UFMG
  \par
  Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática}
\tipotrabalho{Tese (Doutorado)}
% O preambulo deve conter o tipo do trabalho, o objetivo, 
% o nome da instituição e a área de concentração 
\preambulo{Modelo canônico de trabalho monográfico acadêmico em conformidade com
as normas ABNT apresentado à comunidade de usuários \LaTeX.}
% ---
% ---
% Configurações de aparência do PDF final
% alterando o aspecto da cor azul
\definecolor{blue}{RGB}{41,5,195}
% informações do PDF
\makeatletter
\hypersetup{
     	%pagebackref=true,
		pdftitle={\@title}, 
		pdfauthor={\@author},
    	pdfsubject={\imprimirpreambulo},
	    pdfcreator={LaTeX with abnTeX2},
		pdfkeywords={abnt}{latex}{abntex}{abntex2}{trabalho acadêmico}, 
		colorlinks=true,       		% false: boxed links; true: colored links
    	linkcolor=blue,          	% color of internal links
    	citecolor=blue,        		% color of links to bibliography
    	filecolor=magenta,      		% color of file links
		urlcolor=blue,
		bookmarksdepth=4
}
\makeatother
% --- 
% ---
% Posiciona figuras e tabelas no topo da página quando adicionadas sozinhas
% em um página em branco. Ver https://github.com/abntex/abntex2/issues/170
\makeatletter
\setlength{\@fptop}{5pt} % Set distance from top of page to first float
\makeatother
% ---
% ---
% Possibilita criação de Quadros e Lista de quadros.
% Ver https://github.com/abntex/abntex2/issues/176
%
\newcommand{\quadroname}{Quadro}
\newcommand{\listofquadrosname}{Lista de quadros}
\newfloat[chapter]{quadro}{loq}{\quadroname}
\newlistof{listofquadros}{loq}{\listofquadrosname}
\newlistentry{quadro}{loq}{0}
% configurações para atender às regras da ABNT
\setfloatadjustment{quadro}{\centering}
\counterwithout{quadro}{chapter}
\renewcommand{\cftquadroname}{\quadroname\space} 
\renewcommand*{\cftquadroaftersnum}{\hfill--\hfill}
\setfloatlocations{quadro}{hbtp} % Ver https://github.com/abntex/abntex2/issues/176
% ---
% --- 
% Espaçamentos entre linhas e parágrafos 
% --- 
% O tamanho do parágrafo é dado por:
\setlength{\parindent}{1.3cm}
% Controle do espaçamento entre um parágrafo e outro:
\setlength{\parskip}{0.2cm}  % tente também \onelineskip
% ---
% compila o indice
% ---
\makeindex
% ---
% ----
% Início do documento
% ----
\begin{document}
% Seleciona o idioma do documento (conforme pacotes do babel)
%\selectlanguage{english}
\selectlanguage{brazil}
% Retira espaço extra obsoleto entre as frases.
\frenchspacing 
% ----------------------------------------------------------
% ELEMENTOS PRÉ-TEXTUAIS
% ----------------------------------------------------------
% \pretextual
% ---
% Capa
% ---
\include{capa}
\include{folha-rosto}
\begin{fichacatalografica}
%     \includepdf{fig_ficha_catalografica.pdf}
[ Página reservada à ficha catalográfica ] 
\end{fichacatalografica}
\begin{folhadeaprovacao}
%     \includepdf{folha_aprovacao.pdf}
[ Página reservada à folha de aprovação ]
  
\end{folhadeaprovacao}
% ---
% Agradecimentos
% ---
\begin{agradecimentos}
\noindent [ Insira agradecimentos pessoais aqui ] 
Gostaria de agradecer às agências de fomento à pesquisa: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG) e Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); ao Programa de Pós-graduação em Bioinformática da UFMG; e à equipe do Laboratório de Bioinformática e Sistemas.
O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior – Brasil (CAPES) – Código de Financiamento 001. Edital Biologia Computacional. Número de processo 23038.004007/2014-82. Caso possua bolsa CAPES insira a primeira frase. A segunda e a terceira caso tenha bolsa do projeto do biologia computacional.
\end{agradecimentos}
% ---
% ---
% Epígrafe
% ---
%\begin{epigrafe}
%    \vspace*{\fill}
%	\begin{flushright}
%		\textit{``Não vos amoldeis às estruturas deste mundo, \\
%		mas transformai-vos pela renovação da mente, \\
%		a fim de distinguir qual é a vontade de Deus: \\
%		o que é bom, o que Lhe é agradável, o que é perfeito.\\
%		(Bíblia Sagrada, Romanos 12, 2)}
%	\end{flushright}
%\end{epigrafe}
% ---
% ---
% RESUMOS
% ---
% resumo em português
\setlength{\absparsep}{18pt} % ajusta o espaçamento dos parágrafos do resumo
\begin{resumo}
 Segundo a \citeonline[3.1-3.2]{NBR6028:2003}, o resumo deve ressaltar o
 objetivo, o método, os resultados e as conclusões do documento. A ordem e a extensão
 destes itens dependem do tipo de resumo (informativo ou indicativo) e do
 tratamento que cada item recebe no documento original. O resumo deve ser
 precedido da referência do documento, com exceção do resumo inserido no
 próprio documento. (\ldots) As palavras-chave devem figurar logo abaixo do
 resumo, antecedidas da expressão Palavras-chave:, separadas entre si por
 ponto e finalizadas também por ponto.
 \textbf{Palavras-chave}: latex. abntex. editoração de texto.
\end{resumo}
% resumo em inglês
\begin{resumo}[\textit{Abstract}]
 \begin{otherlanguage*}{english}
\textit{   This is the english abstract.}
   \vspace{\onelineskip}
 
   \noindent 
   \textbf{Keywords}: \textit{latex. abntex. text editoration}.
 \end{otherlanguage*}
\end{resumo}
% ---
% ---
% inserir lista de ilustrações
% ---
\pdfbookmark[0]{\listfigurename}{lof}
\listoffigures*
\cleardoublepage
% ---
% ---
% inserir lista de quadros
% ---
\pdfbookmark[0]{\listofquadrosname}{loq}
\listofquadros*
\cleardoublepage
% ---
% ---
% inserir lista de tabelas
% ---
\pdfbookmark[0]{\listtablename}{lot}
\listoftables*
\cleardoublepage
% ---
% ---
% inserir lista de abreviaturas e siglas
% ---
\begin{siglas}
  \item[ABNT] Associação Brasileira de Normas Técnicas
  \item[abnTeX] ABsurdas Normas para TeX
\end{siglas}
% ---
% ---
% inserir o sumario
% ---
\pdfbookmark[0]{\contentsname}{toc}
\tableofcontents*
\cleardoublepage
% ---
% ----------------------------------------------------------
% ELEMENTOS TEXTUAIS
% ----------------------------------------------------------
\textual
% ----------------------------------------------------------
% Introdução (exemplo de capítulo sem numeração, mas presente no Sumário)
% ----------------------------------------------------------
\chapter{Introdução}
% ----------------------------------------------------------
\noindent O primeiro parágrafo da seção não deve ser indentado.
Este documento e seu código-fonte são exemplos de referência de uso da classe
\textsf{abntex2} e do pacote \textsf{abntex2cite}. O documento 
exemplifica a elaboração de trabalho acadêmico (tese, dissertação e outros do
gênero) produzido conforme a ABNT NBR 14724:2011 \emph{Informação e documentação
- Trabalhos acadêmicos - Apresentação}.
A expressão ``Modelo Canônico'' é utilizada para indicar que \abnTeX\ não é
modelo específico de nenhuma universidade ou instituição, mas que implementa tão
somente os requisitos das normas da ABNT. Uma lista completa das normas
observadas pelo \abnTeX\ é apresentada em \citeonline{abntex2classe}.
Sinta-se convidado a participar do projeto \abnTeX! Acesse o site do projeto em
\url{http://www.abntex.net.br/}. Também fique livre para conhecer,
estudar, alterar e redistribuir o trabalho do \abnTeX, desde que os arquivos
modificados tenham seus nomes alterados e que os créditos sejam dados aos
autores originais, nos termos da ``The \LaTeX\ Project Public
License''\footnote{\url{http://www.latex-project.org/lppl.txt}}.
Encorajamos que sejam realizadas customizações específicas deste exemplo para
universidades e outras instituições --- como capas, folha de aprovação, etc.
Porém, recomendamos que ao invés de se alterar diretamente os arquivos do
\abnTeX, distribua-se arquivos com as respectivas customizações.
Isso permite que futuras versões do \abnTeX~não se tornem automaticamente
incompatíveis com as customizações promovidas. Consulte
\citeonline{abntex2-wiki-como-customizar} para mais informações.
Este documento deve ser utilizado como complemento dos manuais do \abnTeX\ 
\cite{abntex2classe,abntex2cite,abntex2cite-alf} e da classe \textsf{memoir}
\cite{memoir}. 
Esperamos, sinceramente, que o \abnTeX\ aprimore a qualidade do trabalho que
você produzirá, de modo que o principal esforço seja concentrado no principal:
na contribuição científica (Equipe \abnTeX).
\section{Figuras}
\noindent Adicione uma figura da seguinte forma (Figura \ref{fig:figura-abc}):
\begin{figure}
  \centering
  \includegraphics[width=0.8\textwidth]{figuras/lbs.jpg}
  \caption{Legenda da figura.}
  \fonte{http://bioinfo.dcc.ufmg.br/ (CC-BY 4.0).}
  \label{fig:figura-abc}
\end{figure}
\section{Tabelas}
Este modelo vem com o ambiente \texttt{quadro} e impressão de Lista de quadros 
configurados por padrão. Verifique um exemplo de utilização:
\begin{quadro}[htb]
\caption{\label{quadro_exemplo}Exemplo de quadro}
\begin{tabular}{|c|c|c|c|}
	\hline
	\textbf{Pessoa} & \textbf{Idade} & \textbf{Peso} & \textbf{Altura} \\ \hline
	Marcos & 26    & 68   & 178    \\ \hline
	Ivone  & 22    & 57   & 162    \\ \hline
	...    & ...   & ...  & ...    \\ \hline
	Sueli  & 40    & 65   & 153    \\ \hline
\end{tabular}
\fonte{Próprio autor.}
\end{quadro}
Este parágrafo apresenta como referenciar o quadro no texto, requisito
obrigatório da ABNT. 
Primeira opção, utilizando \texttt{autoref}: Ver o \autoref{quadro_exemplo}. 
Segunda opção, utilizando  \texttt{ref}: Ver o Quadro \ref{quadro_exemplo}.
% ----------------------------------------------------------
% PARTE
% ----------------------------------------------------------
%\part{Preparação da pesquisa}
% ----------------------------------------------------------
% ---
% Capitulo com exemplos de comandos inseridos de arquivo externo 
% ---
\include{abntex2-modelo-include-comandos}
% ---
\chapter{Objetivos}\label{cap_trabalho_academico}
\section{Objetivo geral}
\noindent Insira o objetivo aqui. O primeiro parágrafo da seção não deve ser indentado.
\section{Objetivos específicos}
\begin{itemize}
\item Objetivo específico 1
\item Objetivo específico 2
\item Objetivo específico 3
\item Objetivo específico ...
\item Objetivo específico n
\end{itemize}
% ---
% Capitulo de revisão de literatura
% ---
\chapter{Referencial teórico}
% ---
\noindent O primeiro parágrafo da seção não deve ser indentado.
\lipsum[1]  % apagar esta linha
% ---
\section{Trabalhos relacionados}
% ---
\noindent O primeiro parágrafo da seção não deve ser indentado.
\lipsum[2-3] % apagar esta linha
% ---
% primeiro capitulo de Resultados
% ---
\chapter{Materiais e métodos}
% ---
\noindent [INSIRA AQUI UMA FIGURA DESCREVENDO A VISÃO GERAL DA METODOLOGIA ADOTADA]
% ---
\section{Coleta de dados}
% ---
\noindent O primeiro parágrafo da seção não deve ser indentado.
\lipsum[21-22]
\chapter{Resultados e discussão}
% ---
\noindent O primeiro parágrafo da seção não deve ser indentado.
\lipsum[24]
\chapter{Conclusão}
\noindent O primeiro parágrafo da seção não deve ser indentado.
\lipsum[25-27]
% ----------------------------------------------------------
% Finaliza a parte no bookmark do PDF
% para que se inicie o bookmark na raiz
% e adiciona espaço de parte no Sumário
% ----------------------------------------------------------
\phantompart
% ---
% Conclusão
% ---
\chapter{Perspectivas}
% ---
\noindent O primeiro parágrafo da seção não deve ser indentado.
\lipsum[31]
% ----------------------------------------------------------
% ELEMENTOS PÓS-TEXTUAIS
% ----------------------------------------------------------
\postextual
% ----------------------------------------------------------
% ----------------------------------------------------------
% Referências bibliográficas
% ----------------------------------------------------------
\bibliography{referencias}
% ----------------------------------------------------------
% Glossário
% ----------------------------------------------------------
%
% Consulte o manual da classe abntex2 para orientações sobre o glossário.
%
%\glossary
% ----------------------------------------------------------
% Apêndices
% ----------------------------------------------------------
% ---
% Inicia os apêndices
% ---
\begin{apendicesenv}
% Imprime uma página indicando o início dos apêndices
\partapendices
% ----------------------------------------------------------
\chapter{Material suplementar produzido por você}
% ----------------------------------------------------------
\lipsum[50]
\end{apendicesenv}
% ---
% ----------------------------------------------------------
% Anexos
% ----------------------------------------------------------
% ---
% Inicia os anexos
% ---
\begin{anexosenv}
% Imprime uma página indicando o início dos anexos
\partanexos
% ---
\chapter{Material suplementar produzido por outro autor.}
% ---
\lipsum[30]
\end{anexosenv}
%---------------------------------------------------------------------
% INDICE REMISSIVO
%---------------------------------------------------------------------
\phantompart
\printindex
%---------------------------------------------------------------------
\end{document}